Pár száz méterre délre Hagar Qim-től egy kőlapokkal kirakott, nyílegyenes, lejtős járdán érhetjük el a következő sziklaplatót, ahol kissé alacsonyabban található a tengerhez közel fekvő neolitikus építmény, mely három, egymáshoz illeszkedő, lóhereformájú templomból áll. Az i. e. 3600-2600 között épült korallmészkő (globigerina) együttest 1840-ben fedezték fel - igaz csupán 1902-től fogtak hozzá a részletes kutatáshoz -, ma jóval áttekinthetőbb és épebb szomszédos társánál.
A lépcsőn megközelíthető jobb oldali keleti szentély a legöregebb, a legromosabb és legkisebb az i. e. 3600-3200 körüli időkből, falainak csupán az alsó része eredeti, a többit a régészek pótolták.
A bal oldali nyugati templomba egy trilitkapu vezet. Az i. e. 3000 körül épült terület öt szabálytalan alakú helyiséget tartalmaz, az elsőben, mely 13.7x7m-es veseformájú, szép kidolgozású trilitfülkéket láthatunk csakúgy mint a hátsó helyiségekben, ahol egy megalitoltár is helyet kapott. A nagyteremben meglepően jól felismerhető az egykori tetőzet formája, fala eléri a 4.5m-es magasságot, mely kőrétegről kőrétegre előbbre ugrik. A jobb oldali kamra háromszögalakú, kis oltárral a belsejében. A hátsó terem egy trilitátjárón át közelíthető meg, látható és rejtett oltárokkal.
A középső templom a legfiatalabb, mindössze 4600-4800 éves, két ovális termét egy apró kamra követi. Az első, 16.5x7.3m-es üres helyiséget 90cm magas lapok határolják. A második terembe, mely 13.7x6.1m nagyságú, egy oltárral közre fogott átjáró vezet, és ahol egy magas trilitoltár és egy négyszögletes ablak is található, míg a hátsó kis kamra egy oszlopot és egy oltárt rejt.
2001-ben több tucat hatalmas kőtömböt „sikerült” ledönteni néhány „erős és okos” embernek, melyeket aztán az UNESCO hathatós közreműködésével állítottak helyre.
Máltát sem kerülhette el az Atlantisz-legenda, ugyanis a legújabb teóriák egyike szerint Mnajdra temploma nem szakrális építmény, hanem kalendárium volt, éppen Atlantisz megmaradt része.
A két komplexum Hagar Qim és Mnajdra egy belépővel látogatható.