A Kék-barlangtól gyalogosan egy frissen épített széles, szép panorámájú kövezett gyalogúton is könnyen elérhető megalitikus szenthelyet i. e. 3600-2500 között emelték egy sziklaszirtre, mely eredetileg három templomot tartalmazott és csak később vették körbe fallal. A kis Filfla-szigettel szemközti építmény alapanyaga a tengeri állatok vázaiból összeállt lágy globigerina mészkő, melyet így fémszerszámok nélkül is alakíthattak a kívánt méretre. Az egész templommező az avatatlan szemnek bonyolult káosznak tűnhet, kell egy kis fantázia az 5000 évvel ezelőtti állapotok elképzeléséhez. A templomterület feltárását 1839-ben kezdték, majd 1909-től részletes ásatások folytak a területen, később 1947-1950 között restaurálták és konzerválták.
Elképzelhetetlen, miként mozgatták a roppant súlyú, 6.5x3m-es kőtömböket. A szintben több helyen eltolt templomkerület hat ovális helyiségéhez kisebb kamrák csatlakoznak. A világ legősibb monumentális bejárata a máltai Hagar Qim kőkori templomban található, amely a korai megalitikus építészet egyik legnagyszerűbb emlék. A délkeleti fekvésű főtemplom homlokzata, még ma is lenyűgöző. Komolyabb szerszámok, felszerelés, daruk nélkül hozták létre, ám annál nagyobb szakértelemmel. A fal néhol az 5.5m-es magasságot, kőtömbjei a 20 tonnát ostromolják, míg a bejárat 2m magas megalitokból áll. Belül az alacsonyabb ovális tér három teremből tevődik össze, melyek fallal zártak. A terület mindhárom nyugati terméhez külső bejáratok tartoznak. A főoltárt, a kisebb tömb- és gombaoltárokat a kornak megfelelő díszítményekkel, azaz növényi, állati, geometriai mintákkal látták el. A trilitfülkék és átjárók, akár egy masszív kapuk, két függőleges és egy keresztben a tetejükre illesztett hatalmas kőlapból állnak.
A Hagar Qim ásatásain előkerült leletek többsége a vallettai Régészeti Múzeumban látható.